أنشئت الكلية عام 1959 تحت اسم المعهد العالي لشئون القطن بالاسكندرية ثم ضمت الى وزارة التعليم العالي بعد تخريج اول دفعة من خريجيها عام 1963 مرت الكلية بمراحل ثلاثة من التطور حتى الان   :

عام 1977 تم تطوير المعهد العالي لشئون القطن الى كلية علوم القطن ككلية نوعية تتبع جامعة حلوان واستمرت في اداء رسالتها في اعداد خريجين للعمل في مجال انتاج وفرز وحليج القطن بصورة أساسية حتى عام 1984 .

وفي عام 1985 صدر القرار الجمهوري رقم 303 بتاريخ 10/7/1985 بتحويل كلية علوم القطن الى كلية زراعة جامعة حلوان .

وفي عام 1989 صدر القرار الجمهوري رقم 361 بتاريخ 3/9/1989 بضم الكلية الى جامعة الاسكندرية .